4.哥吉拉東京SOS......小文章

2004年2月13日下午9時47分 , 夏威夷美軍基地從雷達探測到有超音速飛行物體向日本前進 , 派出F-15戰機到場攔截 . 正當向不明物體作出射擊威嚇之際 , 只見一對極彩色的翅膀向戰機飛來 . . . . . .

1個月後 , 語言學家中條信一帶著外甥義人及孫兒瞬到輕井澤的別莊渡假 . 期間有兩位特別客人到來 -- 來自印番特島的兩位小美人 . 經過了43年 , 中條再一次和她們見面 . [ 請你們把哥斯拉的骸骨放回海洋 ! ] 小美人要求信一 . [ 人類撈起吉拉的骸骨製作機龍是重大錯誤 . 若不把骸骨放回海中 , 摩斯拉會和人類對敵 . ] 並表示若哥吉拉出現 , 摩斯拉會代替機龍和牠作戰 . 說畢摩斯拉和小美人在三人前離開 . 數天後 , 信一三人返回東京 . 信一拜訪老朋友五十嵐總理 , 亦向他要求達成小美人的願望 , 把機龍凍結 . 但五十嵐認為摩斯拉不可靠 , 畢竟61年摩斯拉幼蟲在東京上陸時造成的破壞太大了 . 因此仍堅持保留機龍 .有一個送行會正在進行，一年前與哥吉拉進行死鬥的家城茜、葉山進、關跟健二等三人被機龍隊選拔前往美國進修。義人悄悄地從送行會溜出來，來到停放機龍的船塢，小美人的話困擾著他；家城茜也溜了出來，他告訴義人:「說不定機龍 根本不想跟哥吉拉戰鬥」

另一方面 , 千葉縣九十九里海岸發現巨大生物卡美巴的屍體 . 頸部有被巨爪抓到的撕裂傷。在特生自衛隊中特別作業班工作的二階堂認為是哥吉拉所為 . 不久 , 關島傳來哥吉拉擊沈美國原子潛水艇的消息 . 自衛隊哨戒機亦在太平洋上看見哥吉拉向日本前進 . 海上自衛隊的艦隊亦被派往攻擊 , 希望攔截哥吉拉 . 在八王子的特生自衛隊駐屯地下維修庫中 , 機械狂熱者義人明白須盡快把機龍維修好 .由於共有結合性結晶無法取得，所以絕對零度砲修復無望。他們換上了三連裝邁射砲。而防衛廳內部以及媒體也開始出現「機龍不要論」

不久 , 帶著一年前傷痕的哥吉拉在東京灣出現 . 特生自衛隊利用邁射戰車和坦克成功把哥吉拉誘導至重建中的品川上陸 . 上陸後的哥吉拉向著八王子前進 , 沿途把建築物嚴重破壞 . 信一和其外甥在學校利用椅桌拼成一個摩斯拉的紋章 , 同時小美人在黃昏下唱 [ 摩斯拉之歌 ] , 希望從印番特島上把摩斯拉喚來 . 飛臨東京的摩斯拉立即和哥吉拉對戰 . 摩斯拉利用其雙翼引起的強風把哥吉拉陷入苦戰 . 摩斯拉向哥吉拉使出鱗粉攻擊 , 哥吉拉向鱗粉吐出熱線 , 發生了大爆炸 . 摩斯拉繼續在天空對峙哥吉拉 . 突然哥吉拉再次吐出熱線 , 摩斯拉及時避開 , 但令身後的東京鐵塔被熱線擊中 . 展望台發生大爆炸 , 東京鐵塔亦倒了下來 . 哥吉拉再向摩斯拉的翅膀攻擊 . 摩斯拉最終不敵 , 暫時退出戰場 . 同時五十嵐總理發出命令 , 要完成修復的機龍立即出動 .

運送到永田町現場的機龍開動全武裝向哥吉拉攻擊 , 哥吉拉再度陷入苦戰 . 同一時間 , 在曾孫島的火山口上 , 一顆巨蛋破開 , 兩條摩斯拉幼蟲出生 . 剛出生的幼蟲立即離開曾孫島 , 向東京灣游來 . 在戰場上 , 機龍利用大廈作防衛 , 向哥吉拉發射飛彈攻擊 . 哥吉拉向機龍吐出熱線 . 熱線穿過大廈正中機龍 , 機龍被擊倒 . 當哥吉拉想再一次攻擊機龍時 , 摩斯拉向哥吉拉飛來 . 哥吉拉改向摩斯拉攻擊 . 機龍亦趁機轉換成高機動型 .

轉為高機動型的機龍與哥吉拉進行貼身戰 , 兩條摩斯拉幼蟲亦上岸 , 在一旁窺視哥吉拉與機龍戰鬥 . 哥吉拉向機龍吐出熱線 , 機龍右眼受損 , 失去動力 . 義人被派往到現場修理機龍 , 期間以邁射光線車攻擊 . 摩斯拉和幼蟲重聚 , 摩斯拉把所有的希望託付在幼蟲身上 , 然後再次單獨挑戰哥吉拉 . 哥吉拉向著幼蟲攻擊 , 摩斯拉上前抵擋 , 最終被熱線活活燒死 , 壯烈犧牲 . 眼看母親被殺 , 幼蟲們憤怒得眼睛轉變為紅色 , 並以大廈作保護 , 一方面向哥吉拉吐絲 , 另一方面咬哥吉拉的尾巴 . 但勢孤力弱 , 最後敗陣 .

哥吉拉逼近國會議事堂 . 由於原本進入的維修艙口變型，義人無法逃出，但為避免影響作戰，他便假稱已安全脫出。秋葉操作著修復完成的機龍利用腳部的噴射裝置前往現場和哥吉拉作戰 . 戰鬥期間 , 機龍把哥吉拉推倒 , 國會議事堂被破壞 . 機龍把右手轉為電鑽 , 向哥吉拉的傷口攻擊 , 並以全部微波雷射光線武器攻擊 . 哥吉拉被打至完全喪失戰意 . 兩條摩斯拉幼蟲再次向哥吉拉吐絲 , 把哥吉拉包了起來 . 突然機龍不受控制 ,，自行上前抱著哥吉拉 , 飛離東京 .如月梓駕駛白鷺追上去， 義人亦同時離開機龍體內 ，在離開時他見到螢幕上出現「SAYONARA YOSHITO」的字樣.....機龍抱著哥吉拉衝進深達7000米的日本海溝內 , 永遠和哥吉拉沉眠於海中 . 而五十嵐亦決定永遠放棄打撈機龍 .在戰後的東京朝陽作為背景下 , 小美人和幼蟲返回印番特島。逃生艇上，義人喃喃自語道:「是機龍救了我?」秋葉說:「白癡!是我救了你!當然還有如月...」小美人的聲音又在耳邊響起:「我們謝謝你的勇氣，現在死者的靈魂終於可以永遠地安息」義人站起來向機龍敬禮:「機龍........」某處，儲存DNA樣本實驗室的門被關了起來，其中一張標籤寫著:1954哥吉拉DNA抽出日期1999/11/03